DARNED數(shù)據(jù)庫有什么用
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DARNED數(shù)據(jù)庫收錄了human等多個(gè)物種的RNA編輯位點(diǎn)信息，除了最常見的A->I類型的RNA編輯外，還收錄了部分C->U的RNA編輯位點(diǎn)，網(wǎng)址如下
https://darned.ucc.ie/
該數(shù)據(jù)庫包含的物種如下
Human
Mouse
Drosophila
官網(wǎng)提供了三種檢索方式
1. region-based
Assembly選擇對(duì)應(yīng)的物種，然后根據(jù)Chromosome, start, end篩選對(duì)應(yīng)的染色體區(qū)域上的RNA編輯位點(diǎn)信息，通過Limit，可以篩選特定基因區(qū)域，比如exon上的編輯位點(diǎn)信息，搜索框如下
2. gene-based
gene-based支持直接檢索某個(gè)基因上的RNA編輯位點(diǎn)信息，搜索框如下
3. sequence-based
sequence-based支持直接輸入一段序列，首先確定該序列在基因上的位置，然后給出對(duì)應(yīng)區(qū)間的RNA編輯位點(diǎn)信息，搜索框如下
以human基因AHR為例，檢索結(jié)果如下
在檢索結(jié)果中，會(huì)給出每個(gè)RNA編輯位點(diǎn)的類型，染色體位置，對(duì)應(yīng)的基因，SNP, 是否位于Alu重復(fù)序列上等信息。
該數(shù)據(jù)庫是免費(fèi)下載的，可以從以下鏈接下載到各個(gè)物種的RNA編輯位點(diǎn)信息
https://darned.ucc.ie/download/
相比RADATR數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫中收錄的RNA編輯位點(diǎn)數(shù)量會(huì)少一些。
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