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這是bash的一個(gè)功能(一般都用這個(gè)shell)。bash會(huì)記錄下你下達(dá)的指令(最多一千個(gè),默認(rèn),可以修改為你需要的數(shù)目),以便你重復(fù)使用。你可以用history來(lái)查詢這些命令。查詢的結(jié)果,每個(gè)指令前會(huì)有一個(gè)數(shù)字,你可以用!+數(shù)字來(lái)執(zhí)行相應(yīng)的命令,或者用上下箭頭在這些命令中導(dǎo)航選擇你需要的命令。
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在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計(jì)的命令:
通過(guò)多敲鍵盤,形成手感 肌肉記憶 ,熟練掌握這些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每個(gè)命令的詳細(xì)的介紹(主要是跟著 生信技能樹(shù)小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記)
接下來(lái)通過(guò)示例把10個(gè)命令的常用參數(shù)和用法展示出來(lái):
參數(shù)的用法介紹:
注意事項(xiàng):
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 編輯文本 ,編輯文本要加 符號(hào),退出時(shí),另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件,tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默認(rèn) 10 行 (在R語(yǔ)言里head和tail默認(rèn)是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補(bǔ)充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q鍵
less命令重要的補(bǔ)充用法2 :
參數(shù)用法:
less命令 不加參數(shù) 查看文件:
less命令加 -N參數(shù) 查看文件:顯示行號(hào)
less命令加 -S參數(shù) 查看文件:?jiǎn)涡酗@示,非常規(guī)整
對(duì)比:less和cat命令顯示文本行號(hào)的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁(yè)查看,按空格翻頁(yè),按回車換行 ,more命令一般很少用,熟練掌握l(shuí)ess命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計(jì)字符是也把換行符統(tǒng)計(jì)進(jìn)去,但是別的命令不一定會(huì)把換行符算進(jìn)去,。
常見(jiàn)參數(shù):
切記:用less命令,按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來(lái)切的
常見(jiàn)參數(shù):
排列前:
排列后:
解釋:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一個(gè)表格結(jié)構(gòu)時(shí),因?yàn)橹票矸麑?duì)齊的原因,出現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時(shí)的認(rèn)知不一樣,所以 加上-n參數(shù) , 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來(lái)排序 。
uniq命令去重,只有兩行出現(xiàn)重復(fù),而且是相鄰的兩行,如果不相鄰,即使出現(xiàn)兩行一模一樣,不會(huì)去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之,uniq命令使用時(shí)經(jīng)常和sort一起
常見(jiàn)參數(shù):
常見(jiàn)用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見(jiàn)用法2 : paste - -
常見(jiàn)參數(shù):
要養(yǎng)成一個(gè)好習(xí)慣,原始數(shù)據(jù)不要輕易修改,修改的東西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號(hào)分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計(jì)
5. 在第4步的基礎(chǔ)上,將空格替換成制表符
補(bǔ)充小知識(shí) :
清屏 :control L
查看歷史(輸入過(guò)的)命令 :history
cd命令,ls命令,grep命令,find命令,cp命令,mv命令,rm命令。
介紹:
Linux操作系統(tǒng)是基于UNIX操作系統(tǒng)發(fā)展而來(lái)的一種克隆系統(tǒng),它誕生于1991 年的 [Linux桌面] 10 月5 日。以后借助于Internet網(wǎng)絡(luò),并通過(guò)全世界各地計(jì)算機(jī)愛(ài)好者的共同努力,已成為今天世界上使用最多的一種UNIX 類操作系統(tǒng),并且使用人數(shù)還在迅猛增長(zhǎng)。
誕生過(guò)程:
Linux 操作系統(tǒng)的誕生、發(fā)展和成長(zhǎng)過(guò)程始終依賴著五個(gè)重要支柱:UNIX 操作系統(tǒng)、MINIX 操作系統(tǒng)、GNU 計(jì)劃、POSIX 標(biāo)準(zhǔn)和Internet 網(wǎng)絡(luò)。1981 年IBM公司推出微型計(jì)算機(jī)IBM PC。
拓展:
Linux以它的高效性和靈活性著稱,Linux模塊化的設(shè)計(jì)結(jié)構(gòu),使得它既能在價(jià)格昂貴的工作站上運(yùn)行,也能夠在廉價(jià)的PC機(jī)上實(shí)現(xiàn)全部的Unix特性,具有多任務(wù)、多用戶的能力。Linux是在GNU公共許可權(quán)限下免費(fèi)獲得的,是一個(gè)符合POSIX標(biāo)準(zhǔn)的操作系統(tǒng)。Linux操作系統(tǒng)軟件包不僅包括完整的Linux操作系統(tǒng),而且還包括了文本編輯器、高級(jí)語(yǔ)言編譯器等應(yīng)用軟件。它還包括帶有多個(gè)窗口管理器的X-Windows圖形用戶界面。