R語言中的GO分享包,r語言做go富集
【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題
前面我給大家詳細(xì)介紹過
10年專注成都網(wǎng)站制作，成都企業(yè)網(wǎng)站建設(shè)，個(gè)人網(wǎng)站制作服務(wù)，為大家分享網(wǎng)站制作知識、方案，網(wǎng)站設(shè)計(jì)流程、步驟,成功服務(wù)上千家企業(yè)。為您提供網(wǎng)站建設(shè),網(wǎng)站制作,網(wǎng)頁設(shè)計(jì)及定制高端網(wǎng)站建設(shè)服務(wù),專注于成都企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),高端網(wǎng)頁制作,對成都砂巖浮雕等多個(gè)領(lǐng)域，擁有豐富的網(wǎng)站運(yùn)維經(jīng)驗(yàn)。
?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀
?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀
?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖
?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖
? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化
也用視頻給大家介紹過
? GO和KEGG富集分析視頻講解
最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。
氣泡圖
柱形圖
這個(gè)圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。
dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)
我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。
是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道
同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。
關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文
GO和KEGG富集分析視頻講解
求助，R中GO.db程序包無法安裝
若手機(jī)安裝軟件時(shí)提示解析包錯(cuò)誤，建議： 1.此情況可能是下載的軟件安裝包不完整，建議您在網(wǎng)絡(luò)穩(wěn)定的情況下，重新下載安裝。 2.查看手機(jī)內(nèi)存是否充足。 3.檢查其他軟件是否可以正常安裝。 4.可能是由于該軟件版本和手機(jī)存在兼容性導(dǎo)致無法正常安裝，建議查找該軟件是否有其他版本，重新下載安裝嘗試。樓主你好個(gè)人見解一般有幾種情況： 1，解析包下載的過程中出現(xiàn)了問題，導(dǎo)致解析包出錯(cuò)了?？梢試L試重新下載解析包試試，中途盡量保證不要出現(xiàn)暫?；蛘咂渌倪^程； 2，安裝的過程中如果是手機(jī)或者SD卡空間不足的時(shí)候不知道會(huì)不會(huì)出現(xiàn)，反正本人沒有遇到過，但是為了排除可能，可以看看空間盡量保證夠； 3，這個(gè)是在上面兩條都不行，其實(shí)也是經(jīng)常遇到的，就是版本的問題。就是你的安卓系統(tǒng)的手機(jī)版本低了，而安裝包需要的版本比較高。比如，個(gè)人之前在裝獵豹最新版的瀏覽器的時(shí)候就怎么也裝不上，后來仔細(xì)看了一下版本說明發(fā)現(xiàn)獵豹需要最低的Android 4.0/iOS 5.0及以上，而個(gè)人的是Android 2.3的版本。 希望和樓主討論經(jīng)驗(yàn)。
如何安裝R語言中的goseq包
菜單中選程序包 里面有一個(gè)安裝程序包的選項(xiàng),選鏡像的時(shí)候,選國內(nèi)的,然后找到quantstrat,點(diǎn)擊進(jìn)行自動(dòng)下載安裝！
[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle
查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對自己的數(shù)據(jù)做處理
觀察結(jié)論：
觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：
table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格
本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包
R語言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換
ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：
org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型
keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型
columns() ：類似于keytypes()，針對org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致
select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：
舉例：
r語言ggbio包使用方法
第一步：獲取要繪圖的整潔數(shù)據(jù)（涉及到數(shù)據(jù)整潔和操作的知識）
第二步：整潔數(shù)據(jù)做映射操作，確定x,y,color,size,shape,alpha等
第三步：選擇合適的幾何對象（根據(jù)畫圖的目的、變量的類型和個(gè)數(shù)）
第四步：坐標(biāo)系和刻度配置
第五步：標(biāo)簽信息和圖例信息
第六步：選擇合適的主題
ggplot2的語法包括10個(gè)部件。
數(shù)據(jù)（data）
映射（mapping）
幾何對象（geom）
標(biāo)度（scale）
統(tǒng)計(jì)變換（stats）
坐標(biāo)系（coord）
位置調(diào)整（Position adjustments）
分面（facet）
主題（theme）
輸出（output）
前3個(gè)是必須的，其它部件ggplot2會(huì)自動(dòng)配置，也可以手動(dòng)配置
ggplot2基本繪圖模板：
注意：
1）添加圖層的加號（+）只能放在行末尾
2）紅色方框里面mapping是全局域，綠色方框里面mapping是局部域，執(zhí)行先后順序，先局部域，后全局域
ggplot2畫圖必要部件-數(shù)據(jù)，映射和幾何對象
2.1 數(shù)據(jù)
數(shù)據(jù)（Data）用于畫圖的整潔數(shù)據(jù)
library(tidyverse
ggplot()先只提供數(shù)據(jù)，創(chuàng)建一個(gè)空圖形。
# ggplot()先提供整潔數(shù)據(jù)，生成一個(gè)空圖形
2映射
映射，把數(shù)據(jù)變量集與圖形屬性庫建立關(guān)聯(lián)。
最常用的映射有：
x：x軸
y：y軸
color：顏色
size：大小
shape：形狀
fill：填充
alpha：透明度
以mpg數(shù)據(jù)集為例，把變量displ和hwy分別映射到x和y，變量drv映射到color，此時(shí)圖形就有了坐標(biāo)軸和網(wǎng)格線，color需要在有了幾何對象后才能體現(xiàn)出來。
# 映射操作
ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ,
y = hwy, color = drv))
2.3 幾何對象
幾何對象是表達(dá)數(shù)據(jù)的視覺對象
不同類型的幾何對象是從不同的角度表達(dá)數(shù)據(jù)。
pgglot2提供了50多種“幾何對象”，均以geom_xxxx()的方式命名，常用的有：
幾何對象很簡單，只需要添加圖層即可。
例如，以mpg數(shù)據(jù)集為例，畫散點(diǎn)圖。
ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ,
y = hwy,
color = drv)) +
geom_point()層依次疊加，在上圖的基礎(chǔ)上，再添加一個(gè)幾何對象：光滑曲線。
#繼續(xù)增加一個(gè)幾何對象：光滑曲線
# 寫法1
ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ,
y = hwy,
color = drv)) +
geom_point() +
geom_smooth(se=FALSE)
# 寫法2
ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
geom_smooth(se=FALSE)
思考題：
1）寫法1和寫法2的差異？（全局域和局部域的使用差異）
2）寫法2若是要實(shí)現(xiàn)寫法1的功能，怎么編寫代碼？
03
標(biāo)度
ggplot2會(huì)自動(dòng)根據(jù)輸入變量選擇最優(yōu)的坐標(biāo)刻度方法，若要手動(dòng)設(shè)置或調(diào)整，就需要使用標(biāo)度函數(shù)。
標(biāo)度函數(shù)用來控制幾何對象中的標(biāo)度映射（x軸，y軸或者由color，fill，shape，size產(chǎn)生的圖例）。
ggplot2提供豐富的標(biāo)度函數(shù)，常用的有：
拓展功能：scales包提供很多設(shè)置刻度標(biāo)簽風(fēng)格的函數(shù)，比如百分?jǐn)?shù)、科學(xué)計(jì)數(shù)法法、美元格式等。
3.1 修改坐標(biāo)軸刻度及標(biāo)簽
連續(xù)變量使用scale_*_continuous()函數(shù)，參數(shù)breaks設(shè)置各個(gè)刻度的位置，參數(shù)labels設(shè)置各個(gè)刻度對應(yīng)的標(biāo)簽。
離散變量使用scale_*_discrete()函數(shù)，修改離散變量坐標(biāo)軸的標(biāo)簽。
時(shí)間變量使用scale_x_date()函數(shù)設(shè)置日期刻度，參數(shù)date_breaks設(shè)置刻度間隔，date_labels設(shè)置標(biāo)簽的日期格式
以mpg數(shù)據(jù)集為例，修改連續(xù)變量坐標(biāo)軸刻度及標(biāo)簽。
# scale_y_continuous函數(shù)
# 對比分析和觀察
# 圖1
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point()
# 圖2
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point() +
scale_y_continuous(breaks = seq(15, 40, by = 10))
# 圖3
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point() +
scale_y_continuous(breaks = seq(15, 40, by = 10),
labels = c(" 一五 "," 二五 "," 三五 "))
以mpg數(shù)據(jù)集為例，修改離散變量的標(biāo)簽
# scale_x_discrete函數(shù)
# 對比分析和觀察
# 圖1
ggplot(mpg, aes(x = drv)) +
geom_bar()
# 圖2
ggplot(mpg, aes(x = drv)) +
geom_bar() +
scale_x_discrete(labels = c("4" = " 四驅(qū) ", "f" = " 前驅(qū) ",
"r" = " 后驅(qū) "))
以ggplot2自帶的economics數(shù)據(jù)集為例，修改日期變量。
# scale_x_date函數(shù)
# 以ggplot2自帶的economics為例
economics %% glimpse()
# 圖1
ggplot(tail(economics, 45), aes(date, uempmed / 100)) +
geom_line()
# 圖2
ggplot(tail(economics, 45), aes(date, uempmed / 100)) +
geom_line() +
scale_x_date(date_breaks = "6 months", date_labels = "%Y-%b") +
scale_y_continuous(labels = scales::percent)
3.2 修改坐標(biāo)軸標(biāo)簽、圖例名及圖例位置
用labs()函數(shù)參數(shù)x，y或者xlab()，ylab()，設(shè)置x軸，y軸標(biāo)簽。
若用參數(shù)color生成了圖例，可以在labs()函數(shù)用參數(shù)color修改圖例名。
用theme圖層的參數(shù)legend.position設(shè)置圖例的位置。
以mpg數(shù)據(jù)為例。
# 修改坐標(biāo)軸標(biāo)簽，圖例名和圖例位置
mpg
# 圖1
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
labs(x = " 引擎大小 (L)", y = " 高速燃油率 (mpg)",
color = " 驅(qū)動(dòng)類型 ") +
theme(legend.position = "top")
# 圖2
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
xlab(" 引擎大小 (L)") +
ylab(" 高速燃油率 (mpg)") +
labs(color = " 驅(qū)動(dòng)類型 ") +
theme(legend.position = "top")
# 圖3 不需要圖例
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
xlab(" 引擎大小 (L)") +
ylab(" 高速燃油率 (mpg)") +
theme(legend.position = "none")
3.3 設(shè)置坐標(biāo)軸的范圍
用coord_cartesian()函數(shù)參數(shù)xlim和ylim，或者用xlim()，ylim()設(shè)置x軸和y軸的范圍。
以mpg數(shù)據(jù)集為例。
# 修改坐標(biāo)軸的范圍
# 圖1 coord_cartesian()的參數(shù)xlim和ylim
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
coord_cartesian(xlim = c(5, 7), ylim = c(10, 30))
# 圖2 xlim()和ylim()函數(shù)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
xlim(5, 7) +
ylim(10, 30)
3.4 變換坐標(biāo)軸
用scale_x_log10()函數(shù)變換坐標(biāo)系，可以保持原始數(shù)據(jù)的坐標(biāo)刻度。
# 修改坐標(biāo)軸的范圍
# 圖1 coord_cartesian()的參數(shù)xlim和ylim
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
coord_cartesian(xlim = c(5, 7), ylim = c(10, 30))
# 圖2 xlim()和ylim()函數(shù)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
xlim(5, 7) +
ylim(10, 30)
3.5 設(shè)置圖形標(biāo)題
用labs()函數(shù)設(shè)置圖形標(biāo)題。
參數(shù)title 設(shè)置正標(biāo)題
參數(shù)subtitle 設(shè)置副標(biāo)題
參數(shù)caption 設(shè)置腳注標(biāo)題（默認(rèn)右下角）
# 設(shè)置標(biāo)題
# mpg數(shù)據(jù)集為例
p - ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = drv)) +
geom_smooth(se = FALSE) +
labs(title = " 燃油效率與引擎大小的關(guān)系圖 ",
subtitle = " 兩座車 ( 跑車 ) 因重量小而符合預(yù)期 ",
caption = " 數(shù)據(jù)來自 fueleconomy.gov")
p
標(biāo)題若要居中，采用theme圖層設(shè)置。
p + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5),
plot.subtitle = element_text(hjust = 0.5))
3.6 設(shè)置color、fill顏色
數(shù)據(jù)的某個(gè)維度信息可以通過顏色來表示。
可以直接使用顏色值，建議使用RColorBrewer（調(diào)色板）或者colorspace包。
1）連續(xù)變量
- 用scale_color_gradient()設(shè)置二色漸變色。
# 連續(xù)變量
# 圖1 scale_color_gradient()函數(shù)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy, color = hwy)) +
geom_point() +
scale_color_gradient(low = "green", high = "red")
- 用scale_color_distiller()設(shè)置調(diào)色板中的顏色
# 圖2 scale_color_distiller()函數(shù)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy, color = hwy)) +
geom_point() +
scale_color_distiller(palette = "Set1")
2）離散變量
- 用scale_color_manual()手動(dòng)設(shè)置顏色，還可以修改圖例及其標(biāo)簽信息
# 離散變量
# 圖1 scale_color_manual()函數(shù)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy, color = drv)) +
geom_point() +
scale_color_manual(" 驅(qū)動(dòng)方式 ",
values = c("red", "blue", "green"),
breaks = c("4", "f", "r"))
ggplot(mpg, aes(displ, hwy, color = drv)) +
geom_point() +
scale_color_manual(" 驅(qū)動(dòng)方式 ",
values = c("red", "blue", "green"),
labels = c(" 四驅(qū) ", " 前驅(qū) ", " 后驅(qū) "))
-用scale_fill_brewer()調(diào)用調(diào)色板中的顏色
# 圖2 scale_fill_brewer()函數(shù)
ggplot(mpg, aes(x = class, fill = class)) +
geom_bar() +
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")
.7 添加文字標(biāo)注
ggrepel包提供了geom_label_repel()函數(shù)或者geom_text_repel()函數(shù)，為圖形添加文字標(biāo)注。
操作步驟：
第一步：先準(zhǔn)備好標(biāo)記點(diǎn)的數(shù)據(jù)
第二步：增加文字標(biāo)注圖層，包括標(biāo)記點(diǎn)的數(shù)據(jù)和標(biāo)注的文字給label參數(shù)
# 設(shè)置文字標(biāo)注信息
library(ggrepel)
# 選取每種車型 hwy 值最大的樣本
best_in_class - mpg %%
group_by(class) %%
slice_max(hwy, n = 1)
best_in_class %% select(class, model, hwy)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = class)) +
geom_label_repel(data = best_in_class,
aes(label = model))
04
計(jì)變換、坐標(biāo)系和位置調(diào)整
.1 統(tǒng)計(jì)變換
統(tǒng)計(jì)變換是構(gòu)建新的統(tǒng)計(jì)量而畫圖。
例如，條形圖或直方圖，是對數(shù)據(jù)分組的頻數(shù)做畫圖；平滑曲線是對數(shù)據(jù)擬合模型的預(yù)測值畫圖。
gplot2可以把統(tǒng)計(jì)變換直接融入畫圖中，不必先在對數(shù)據(jù)做統(tǒng)計(jì)變換后再畫圖。
gplot2提供30多種統(tǒng)計(jì)，均以stats_xxx()的方式命名。
1）可在幾何對象中直接使用的統(tǒng)計(jì)變換，直接使用幾何對象就可以了。
能在幾何對象創(chuàng)建的，而需要單獨(dú)使用。
mpg數(shù)據(jù)集為例。
stat_summary()做統(tǒng)計(jì)繪圖并匯總。
# 圖1 stat_summary()做統(tǒng)計(jì)繪圖并匯總
p - ggplot(mpg, aes(x = class, y = hwy)) +
geom_violin(trim = FALSE, alpha = 0.5, color = "green")
p
p + stat_summary(fun = mean,
fun.min = function (x) {mean(x) - sd(x)},
fun.max = function (x) {mean(x) + sd(x)},
geom = "pointrange",
color = "red")
tat_smooth()添加光滑曲線，與geom_smooth()相同。
參數(shù)method設(shè)置平滑曲線的擬合方法，如lm線性回歸、glm廣義線性回歸、loess多項(xiàng)式回歸、gam廣義加法模型(mgcv包)、rlm穩(wěn)健回歸(MASS包)等。
參數(shù)formula指定平滑曲線方程，如y ~ x, y ~ poly(x, 2)， y ~ log(x)等。
參數(shù)se設(shè)置是否繪制置信區(qū)間。
# 圖2 stat_smooth()添加平滑曲線
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point() +
stat_smooth(method = "lm",
formula = y ~ splines::bs(x, 3),
se = FALSE)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point() +
geom_smooth(method = "lm",
formula = y ~ splines::bs(x, 3),
se = FALSE)
4.2 坐標(biāo)系
ggplot2默認(rèn)是直角坐標(biāo)系。
- coord_cartesian()
常用的其它坐標(biāo)系：
以mpg數(shù)據(jù)集為例，坐標(biāo)軸翻轉(zhuǎn)。
# 圖1 坐標(biāo)軸翻轉(zhuǎn)coord_flip()
p - ggplot(mpg, aes(class, hwy)) +
geom_boxplot()
p
p + coord_flip()
直角坐標(biāo)下條形圖轉(zhuǎn)換為極坐標(biāo)下玫瑰圖。
# 圖2 直角坐標(biāo)條形圖--極坐標(biāo)玫瑰圖
p - ggplot(mpg, aes(class, fill = drv)) +
geom_bar()
p
p + coord_polar()
4.3 位置調(diào)整
條形圖的位置調(diào)整
# 圖1：條形圖條形位置調(diào)整
ggplot(mpg, aes(class, fill = drv)) +
geom_bar()
ggplot(mpg, aes(class, fill = drv)) +
geom_bar(position = "dodge")
ggplot(mpg, aes(class, fill = drv)) +
geom_bar(position = position_dodge(preserve = "single"))
散點(diǎn)圖的散點(diǎn)位置調(diào)整
# 圖1：散點(diǎn)圖的散點(diǎn)位置調(diào)整
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point()
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(position = "jitter")
用patchwork包排布多個(gè)圖形
library(patchwork)
p1 - ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point()
p2 - ggplot(mpg, aes(drv, displ)) +
geom_boxplot()
p3 - ggplot(mpg, aes(drv)) +
geom_bar()
p1 | (p2 / p3)
p1 | p2 | p3
p1 / p2 / p3
p1 / (p2 | p3)
05
分面
利用分類變量把圖形分成若干“子圖”（面），實(shí)際上就是對數(shù)據(jù)分組后再畫圖，屬于數(shù)據(jù)分析里面細(xì)分和下鉆的思想。
5.1 用facet_wrap()函數(shù)
封裝分面，先生成一維的面板系列，再封裝到二維中。
語法形式：~ 分類變量 或者 ~ 分類變量1 + 分類變量2
參數(shù)scales設(shè)置是否共用坐標(biāo)刻度，fixed 默認(rèn) 共用， free 不共用，還可以額通過free_x，free_y單獨(dú)設(shè)置。
標(biāo)題名稱：R語言中的GO分享包,r語言做go富集
標(biāo)題來源：http://m.jiaotiyi.com/article/hdeejo.html