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【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題

前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)

創(chuàng)新互聯(lián)建站是由多位在大型網(wǎng)絡(luò)公司、廣告設(shè)計(jì)公司的優(yōu)秀設(shè)計(jì)人員和策劃人員組成的一個(gè)具有豐富經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)，其中包括網(wǎng)站策劃、網(wǎng)頁(yè)美工、網(wǎng)站程序員、網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)師、平面廣告設(shè)計(jì)師、網(wǎng)絡(luò)營(yíng)銷人員及形象策劃。承接：成都網(wǎng)站設(shè)計(jì)、網(wǎng)站制作、網(wǎng)站改版、網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)制作、網(wǎng)站建設(shè)與維護(hù)、網(wǎng)絡(luò)推廣、數(shù)據(jù)庫(kù)開(kāi)發(fā),以高性價(jià)比制作企業(yè)網(wǎng)站、行業(yè)門戶平臺(tái)等全方位的服務(wù)。

?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過(guò)

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

最難的開(kāi)發(fā)語(yǔ)言

第十名、R語(yǔ)言

R語(yǔ)言，一種自由軟件編程語(yǔ)言與操作環(huán)境，主要用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖、數(shù)據(jù)挖掘。R基于S語(yǔ)言的一個(gè)GNU計(jì)劃項(xiàng)目，所以也可以當(dāng)作S語(yǔ)言的一種實(shí)現(xiàn)，通常用S語(yǔ)言編寫的代碼都可以不作修改的在R環(huán)境下運(yùn)行。R的語(yǔ)法是來(lái)自Scheme。

提名詞

R語(yǔ)言作者，George Ross Ihaka：在奧克蘭大學(xué)統(tǒng)計(jì)系任副教授，是R語(yǔ)言的最初作者。

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第九名、Python

頒獎(jiǎng)詞

Python是一種廣泛使用的高級(jí)編程語(yǔ)言，屬于通用型編程語(yǔ)言。作為一種解釋型語(yǔ)言，Python的設(shè)計(jì)哲學(xué)強(qiáng)調(diào)代碼的可讀性和簡(jiǎn)潔的語(yǔ)法。相比于C++或Java，Python讓開(kāi)發(fā)者能夠用更少的代碼表達(dá)想法。不管是小型還是大型程序，該語(yǔ)言都試圖讓程序的結(jié)構(gòu)清晰明了。

提名詞

Python語(yǔ)言作者，Guido van Rossum：生于荷蘭哈勒姆，計(jì)算機(jī)程序員，為Python程序設(shè)計(jì)語(yǔ)言的最初設(shè)計(jì)者及主要架構(gòu)師。

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第八名、C語(yǔ)言

頒獎(jiǎng)詞

C是一種通用的編程語(yǔ)言，廣泛用于系統(tǒng)軟件與應(yīng)用軟件的開(kāi)發(fā)。C語(yǔ)言具有高效、靈活、功能豐富、表達(dá)力強(qiáng)和較高的可移植性等特點(diǎn)。C語(yǔ)言編譯器普遍存在于各種不同的操作系統(tǒng)中，例如Microsoft Windows、macOS、Linux、Unix等。C語(yǔ)言的設(shè)計(jì)影響了眾多后來(lái)的編程語(yǔ)言，例如C++、Objective-C、Java、C#等。

提名詞

C語(yǔ)言作者，Dennis MacAlistair Ritchie：美國(guó)計(jì)算機(jī)科學(xué)家。黑客圈子通常稱他為“dmr”。他是C語(yǔ)言的創(chuàng)造者、Unix操作系統(tǒng)的關(guān)鍵開(kāi)發(fā)者，對(duì)計(jì)算機(jī)領(lǐng)域產(chǎn)生了深遠(yuǎn)影響，并與肯·湯普遜同為1983年圖靈獎(jiǎng)得主。

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第七名、Go

頒獎(jiǎng)詞

Go（又稱Golang）是Google開(kāi)發(fā)的一種靜態(tài)強(qiáng)類型、編譯型、并發(fā)型，并具有垃圾回收功能的編程語(yǔ)言。Go的語(yǔ)法接近C語(yǔ)言，但對(duì)于變量的聲明有所不同。Go支持垃圾回收功能。

提名詞

Go語(yǔ)言作者，Robert C. Pike：來(lái)自加拿大的程序員，曾經(jīng)加入貝爾實(shí)驗(yàn)室，為 UNIX小組的成員。他與肯·湯普遜共同開(kāi)發(fā)了UTF-8。目前為 google的工程師，參與編程語(yǔ)言 Go與Sawzall的研發(fā)工作。

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第六名、JavaScript

頒獎(jiǎng)詞

JavaScript，通常縮寫為JS，是一種高級(jí)的，解釋執(zhí)行的編程語(yǔ)言。JavaScript是一門基于原型、函數(shù)先行的語(yǔ)言，是一門多范式的語(yǔ)言，它支持面向?qū)ο缶幊蹋钍骄幊?，以及函?shù)式編程。它已經(jīng)由ECMA（歐洲計(jì)算機(jī)制造商協(xié)會(huì)）通過(guò)ECMAScript實(shí)現(xiàn)語(yǔ)言的標(biāo)準(zhǔn)化。它被世界上的絕大多數(shù)網(wǎng)站所使用，也被世界主流瀏覽器（Chrome、IE、Firefox、Safari、Opera）支持。

提名詞

JavaScript語(yǔ)言作者，Brendan Eich：美國(guó)程序員與企業(yè)家，JavaScript主要?jiǎng)?chuàng)造者與架構(gòu)師，曾任Mozilla公司的首席技術(shù)官，并曾短暫擔(dān)任首席執(zhí)行官。

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第五名、Objective-C

頒獎(jiǎng)詞

Objective-C是一種通用、高級(jí)、面向?qū)ο蟮木幊陶Z(yǔ)言。它擴(kuò)展了標(biāo)準(zhǔn)的ANSI C編程語(yǔ)言，將Smalltalk式的消息傳遞機(jī)制加入到ANSI C中。目前主要支持的編譯器有GCC和Clang（采用LLVM作為后端）。

提名詞

Objective-C作者，Brad Cox：美國(guó)計(jì)算機(jī)科學(xué)家。于傅爾曼大學(xué)主修化學(xué)與數(shù)學(xué)，于芝加哥大學(xué)取得數(shù)學(xué)生物學(xué)博士學(xué)位。Objective-C主要作者。

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第四名、PHP

頒獎(jiǎng)詞

PHP（全稱：PHP：Hypertext Preprocessor，即“PHP：超文本預(yù)處理器”）是開(kāi)源的通用計(jì)算機(jī)腳本語(yǔ)言，尤其適用于網(wǎng)絡(luò)開(kāi)發(fā)并可嵌入HTML中使用。PHP的語(yǔ)法借鑒吸收C語(yǔ)言、Java和Perl等流行計(jì)算機(jī)語(yǔ)言的特點(diǎn)，易于一般程序員學(xué)習(xí)。PHP的主要目標(biāo)是允許網(wǎng)絡(luò)開(kāi)發(fā)人員快速編寫動(dòng)態(tài)頁(yè)面，但PHP也被用于其他很多領(lǐng)域。

提名詞

PHP語(yǔ)言作者，Rasmus Lerdorf：出生于格陵蘭島凱凱塔蘇瓦克，是一個(gè)丹麥程序員，他擁有加拿大國(guó)籍。他也是編程語(yǔ)言PHP的創(chuàng)始人，其中PHP的頭兩個(gè)版本是由他編寫的，后來(lái)他也參與PHP后續(xù)版本的開(kāi)發(fā)。

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第三名、Java

頒獎(jiǎng)詞

Java是一種廣泛使用的計(jì)算機(jī)編程語(yǔ)言，擁有跨平臺(tái)、面向?qū)ο?、泛型編程的特性，廣泛應(yīng)用于企業(yè)級(jí)Web應(yīng)用開(kāi)發(fā)和移動(dòng)應(yīng)用開(kāi)發(fā)。Java編程語(yǔ)言是個(gè)簡(jiǎn)單、面向?qū)ο?、分布式、解釋性、健壯、安全與系統(tǒng)無(wú)關(guān)、可移植、高性能、多線程和動(dòng)態(tài)的語(yǔ)言。

提名詞

Java語(yǔ)言作者，James Gosling：出生于加拿大，軟件專家，Java編程語(yǔ)言的共同創(chuàng)始人之一，一般公認(rèn)他為“Java之父”。

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第二名、C++

頒獎(jiǎng)詞

C++是一種使用廣泛的計(jì)算機(jī)程序設(shè)計(jì)語(yǔ)言。它是一種通用程序設(shè)計(jì)語(yǔ)言，支持多重編程模式，例如過(guò)程化程序設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)抽象、面向?qū)ο蟪绦蛟O(shè)計(jì)、泛型程序設(shè)計(jì)和設(shè)計(jì)模式等。

提名詞

C++語(yǔ)言作者，Bjarne Stroustrup：生于丹麥奧胡斯郡，計(jì)算機(jī)科學(xué)家。他以創(chuàng)造C++編程語(yǔ)言而聞名，被稱為“C++之父”。

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第一名、Visual Basic .NET

頒獎(jiǎng)詞

Visual Basic .NET（VB.NET）是.NET Framework框架下的一種多重編程范式高級(jí)語(yǔ)言。Visual Basic .NET屬Basic系語(yǔ)言，其語(yǔ)法特點(diǎn)是以極具親和力的英文單詞為基礎(chǔ)標(biāo)識(shí)，以及與自然語(yǔ)言極其相近的邏輯表達(dá)，有時(shí)候你會(huì)覺(jué)得寫VB.NET代碼就好像在寫英文句子一樣，從這個(gè)角度來(lái)說(shuō)，VB.NET似乎是最高級(jí)的一門編程語(yǔ)言，當(dāng)然在Basic系語(yǔ)言中VB.NET也確實(shí)是迄今為止最強(qiáng)大的一門編程語(yǔ)言。

提名詞

Visual Basic .NET作者，Alan Cooper：交互設(shè)計(jì)的提倡者。庫(kù)珀有些時(shí)候被叫做 Visual Basic 之父，雖然大多數(shù)的工作是由微軟的內(nèi)部開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)完成的，但是對(duì)于Windows可視化設(shè)計(jì)工具的創(chuàng)意是來(lái)源于庫(kù)珀的。

R語(yǔ)言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換

ID轉(zhuǎn)換用到的是 bitr() 函數(shù)，bitr()的使用方法：

org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型

columns() ：類似于keytypes()，針對(duì)org.Hs.eg.db兩個(gè)函數(shù)返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數(shù)enrichGO()進(jìn)行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

舉例：

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